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简单来说，与2006年11月27日卫生部发布的52号令《传统医学师承和确有专长人员医师资格考核考试办法》比较，新版《中医专长医师资格证书》最大的不同具有两点:
其一、传统的确有专长证书不能合法执业
前几年参加的确有专长考试，主要目的是为了让那些以师承方式学习传统医学或者经多年传统医学临床实践医术确有专长、但不具备医学专业学历的人员，能有资格参考医师资格考试。
所以早年考取的确有专长证书或是师承证书，只能帮助你参加医师资格考试，而不具备合法执业资格。但是通过新出台的中医医术确有专长人员医师资格考核办法，而取得的《中医（专长）医师资格证书》经过注册后可以开诊所，也可以到医院合法执业。
其二、新证将师承和专长人员合并为一证
师承人员通过考核取得《传统医学师承出师证书》，专长人员取得《传统医学医术确有专长证书》，参加任一一个考核通过后在医疗机构中试用期满1年并考核合格，都可以参加国家医师资格考试。
而新出炉的考核办法中提到:无论是师承人员还是经多年中医医术实践确有专长人员通过新考核，都统一获得《中医（专长）医师资格证书》。即在县级以上地方中医药主管部门注册申请取得《中医(专长)医师执业证书》，就可以个人开业的方式或者在医疗机构内从事中医医疗活动，可以说是一步到位。也就是说，新证将师承和专长人员合并为一证。